Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP)
Es una poderosa herramienta para la identificación de proteínas, incluyendo proteínas histonas y no histonas, asociadas con regiones específicas del genoma mediante el uso de anticuerpos específicos que reconocen una proteína en particular o de una modificación específica de una proteína.
El paso inicial de ChIP es el entrecruzamiento proteína-proteína y proteína-ADN en las células vivas con formaldehído. Después de la formación de puentes cruzados, las células se lisan y el material extraído se somete a una sonicación para fragmentar el ADN. Las proteínas, junto con el ADN reticulado posteriormente son inmunoprecipitadas. Luego, se invierte la unión proteína-ADN por puentes cruzados en el material inmunoprecipitado y los fragmentos de ADN se purifican y amplifican por PCR.
Hay dos tipos generales de experimentos:
· ChIP con formación de puentes cruzados (Cross-linking ChIP, X-ChIP o XChIP) que utiliza cromatina fijada con formol y una posterior fragmentación por sonicación.
· ChIP con cromatina nativa (Native chromatin immunoprecipitation, N-ChIP o NChIP) que utiliza cromatina nativa preparada por digestión de los núcleos celulares mediante una nucleasa.
Características:
· Se basa en la utilización de anticuerpos
· Tiene una duración de 4-5 días
· Posee múltiples pasos
· Utiliza una captura no covalente
http://www.promega.com/multimedia/halochip01.htm
