Los HPV son virus DNA de doble cadena sin envoltura y simetría icosaédrica con cápside de 72 capsómeros y de la familia Papovaviridae, que infectan preferencialmente las células epiteliales, donde crecen lentamente y se autorreproducen en el interior del núcleo.Habitualmente los HPV se dividen en cutáneos y mucosos. Los HPV cutáneos (tipos 1, 2 y 4) son los causantes de las verrugas comunes y plantares. Entre los más de 120 tipos de papilomavirus identificados molecularmente, alrededor de 40 pueden infectar la mucosa genital mediante transmisión sexual, y entre 13 y 18 son considerados altamente carcinogénicos, oncogénicos o de alto riesgo.
La mayoría de estos HPV de alto riesgo están además relacionados filogenéticamente, el HPV 16 con los tipos 31, 33, 35, 52, 58 y el HPV 18 con los tipos 39, 45, 59, 68. Estudios epidemiológicos sobre la prevalencia de los diferentes tipos de HPV en el cáncer de cérvix muestran sin embargo que la mayoría de los cánceres cervicales (60 a 72%) están relacionados con sólo dos tipos: el HPV 16 y el HPV 18.
Los HPV oncogénicos están también implicados en el desarrollo de otros tipos menos frecuentes de cáncer, como el de canal anal, vulva, pene u orofaringe. Por otro lado, la infección con virus considerados de bajo riesgo oncogénico, fundamentalmente los tipos 6 y 11, puede causar verrugas anogenitales (condilomas acuminados) y neoplasias intraepiteliales de bajo grado de vagina, vulva, cérvix, pene y ano.